1. Shinji Ikari: El protagonista de la serie, es un chico de 14 años que fue abandonado por su padre, Gendo Ikari, cuando tenía 3. Shinji vuelve a ser llamado por su progenitor para integrar Nerv y pilotear el Evangelion Unidad 01, convirtiéndose en el tercer niño elegido. A pesar de no querer al inicio, Shinji accede a pilotear el ‘eva’. Conforme avanza la serie se va descubriendo más sobre el pasado oscuro que tiene, mientras que al mismo tiempo busca la aceptación de los demás. En sus manos quedó la decisión del futuro de la humanidad durante el tercer impacto.
2. Rei Ayanami: Una chica muy misteriosa con un pasado desconocido. Rei es la primera niña elegida y pilotea el Evangelion Unidad 00. Conforme va pasando la serie, Rei va descubriendo sentimientos como el amor, lo cual le va dando personalidad y la va acercando a Shinji Ikari a pesar de que ella es un humano artificial. Gendo creó a Rei a imagen y semejanza de su esposa fallecida, Yui Ikari, y aparecen tres clones de ella durante toda la serie. Genera el tercer impacto.
3. Asuka Langley Soryu: Mitad alemana, mitad japonesa, Asuka es una niña fuerte y decidida, aunque su comportamiento solo es para aparentar la profunda depresión que padece por el rechazo y suicidio de su madre cuando tenía 3 años. Ella es la segunda niña elegida y pilotea el Evangelion Unidad 02. Asuka cae en una profunda crisis, lo que la imposibilita de seguir piloteando su ‘eva’, aunque al final logra despertar al monstruo gracias al espíritu de su madre que habita en la máquina. Es asesinada por los Evangelions de Producción en Masa, y revivida para repoblar todo el planeta luego del tercer impacto.
4. Misato Katsuragi: Misato es la comandante de operaciones de Nerv. En el año 2000, fue la única sobreviviente del segundo impacto al ser salvada por su padre. Luego de permanecer dos años sin poder hablar (y encerrada en una habitación), rehace su vida como cualquier chica normal y se une a Nerv para poder combatir contra los ángeles y vengar la muerte de su padre. Misato decide acoger a Shinji en su casa, por lo que se vuelve en el único apoyo del muchacho. Tuvo una relación con Kaji cuando estaban en la universidad, pero decide abandonarlo. Es asesinada por el ejército que invadió los cuarteles de Nerv antes del tercer impacto.
5. Ritsuko Akagi: La ingeniera principal del Nerv, es la encargada del funcionamiento de la megacomputadora Magi, la cual es el cerebro de todo el cuartel de Nerv (fue creado por su madre). Aunque se muestra amable al principio, se vuelve fría y calculadora. En los últimos capítulos revela que odia a Rei y se enamora de Gendo; curiosamente es asesinada por este último antes del ‘tercer impacto’.
6. Gendo Ikari: Padre de Shinji y jefe de Nerv, su misión es dirigir al grupo que combatirá contra los ángeles en el año 2015. A pesar que sigue las ordenes de ‘Seele’, Gendo crea su propio plan para crea el tercer impacto y concretizar el ‘Plan de Complementación Humana’ (el cual buscaba crear un ser supremo mediante la extinción humana). Es traicionado por Rei y recibió un castigo divino.
7. Ryoji Kagi: Espía, tanto de Nerv como del gobierno japonés y de la ONU; Kagi es el personaje que nos va presentando cada misterio que esconde Nerv y cuáles son los verdaderos planes de Gendo y Seele. Fue pareja de Misato durante la universidad. Kagi es asesinado luego que se descubriera su trabajo como espía, pero antes de morir le deja a Misato los secretos de los planes de ‘Nerv’.
8. Toji Suzuhara: Compañero de clases de Shinji, lo odiaba cuando se enteró que este último era el piloto del eva 01, porque en la primera batalla que tuvo Ikari, dejó mal herida a la hermana de Toji. Luego de conocer el sufrimiento de Shinji, al pilotear el eva, se vuelven muy buenos amigos. Toji es elegido como el cuarto niño y piloto del eva 03, aunque nunca pudo manejarlo porque este era un ángel. Quedó mal herido luego de que su eva fuera destruido por el eva 01 (usando el pilóto automático). Su historia es distinta en el manga (muerte a manos del eva 01) y en el Rebuild of Evangelion (nunca es elegido piloto).
9. Yui Ikari: Madre de Shinji, fue una de las principales integrantes de Gehrin (la cual se convierte en Nerv). Fallece al probar el Eva 01, su cuerpo nunca fue encontrado, pero su espíritu vive dentro de la maquina; es por eso que Shinji es el único que puede pilotear a ese eva, y que este reacciona cada vez que el muchacho tiene problemas. Rei es clonada en base a su imagen.
10. Keel Lorenz: No se conoce mucho sobre este personaje, lo que se sabe es que estuvo involucrado en el segundo impacto, fue el que ordenó el Proyecto Eva y el principal organizador del tercer impacto. Es el jefe de Seele.